Némó kapitány és tengeralattjárója, a Nautilus, történetét követhetjük nyomon, ezalkalommal Pierre Aronnax professzor, a világhírű francia biológus szemszögéből, aki tudományos expedíciót szervez, hogy felkutassa az ismeretlen, hatalmas tengeri szörnyet,amely rettegésben tartja a tengerészeket. A kis csapat harcba keveredik a szörnnyel, s ekkor kiderül, hogy a rémséges szörny nem más, mint a Nemo kapitány által irányított Nautilus tengeralattjáró. NedLand szigonyos, Aronnax professzor és hűséges inasa,Conseil a titokzatos Nemokapitány fogságába esnek. A tengerben tett csodás (egyben kalandos) túrák során hőseinknek lehetőségük nyílik felfedezni ismeretlen tengeri élőlényeket, úgy a Vörös Tenger korallzátonyai között, mint az Antarktisz jégfedele alatt, vagy épp a legendás Atlantisz romjai alatt.